精子头部的畸形率是不单独计算的，精子形态学的标准判别分为一般标准和严格标准。一般标准是精子头有明显的畸形、缺陷或者不规则、有空泡，精子颈部和尾部有明显异常，例如双尾断裂、弯折等，这种情况属于异常。按照这种标准，正常形态精子比例应该大于30%。
而按照严格的标准，只有精子的头、颈、中段和尾部都正常，才算是正常。按照严格的标准，正常生育男性精液中正常形态的精子比例应该大于15%。精子头部畸形率虽然不单独计算，但是头部缺陷是可以判别的，大头、小头、锥形头、梨形头、圆头、无定形头、有空泡的头、顶体过小的头、双头以及上述缺陷的任何组合，都算是精子头部的畸形。