连花清瘟胶囊具有清热解毒、宣肺解表的功效，用于治疗由于流感导致的发热或者高热不退，头痛、咳嗽、咳黄痰、身体疼痛、鼻塞，以及流黄鼻涕、咽干、咽痛等症状。中医辨证属于外感风热，或者是疫疠毒邪、邪热壅肺所出现的症候。
如果患者怕冷并伴有发热、身痛、咳白痰等症状，不宜应用本药。本药属于祛邪药物，所以在服药期间应该避免应用人参、黄芪、枸杞等补益类的中药。对于使用三天以上症状没有明显缓解的患者，或者症状变化比较快，很快出现神昏、抽搐等症状的患者，应抓紧时间就医，以免延误病情。
对于明显合并细菌性感染的患者，应该联合应用抗生素进行治疗。