13岁男孩脖子上淋巴结有肿大还痛，一般提示存在淋巴结炎，具体原因如下：

1、咽部炎症：小孩的淋巴结炎多为继发性的反应性淋巴结炎，往往由于原发病灶不在淋巴结，而是在咽部，在淋巴引流范畴之内有发炎，比如扁桃体发炎、颈部淋巴结炎症、鼻炎、鼻窦炎，甚至一些头皮发炎，或者是上肢破溃、长疖肿；

2、原发性颈淋巴结发炎：比较少见，但并不意味着没有，所以也有可能是淋巴结炎症，但还要注意其他一些少见原因。尤其对于长期发热的小孩，或者慢性低热，体温经常处于37-38℃，持续半个月或1个月的时间；

3、坏死性淋巴结炎：大家也要注意进行鉴别，往往脖子上淋巴结的肿大，并且有压痛，是由于淋巴结坏死所导致。坏死性淋巴结炎，是自身免疫性的疾病，这时要注意鉴别，表现为血象、白细胞、C反应蛋白不高，中性粒细胞偏低、淋巴偏高，但是必须取淋巴结化验才能够确诊；

4、其他：少见的淋巴结肿大、疼痛原因还要注意一些少见疾病，比如结缔组织病，包括类风湿关节炎、系统性红斑狼疮，甚至淋巴瘤、血液系统疾病，也表现出淋巴结肿大。

因此，小孩出现颈部淋巴结明显肿大、疼痛时，一定去医院进行就诊，专业的医生作出鉴别诊断，具体是何种原因所致。