亚急性硬化性全脑炎是比较遗憾的病，死亡率较高，大约有80％的患儿可能会在发病1-2年之后症状逐渐进展，最后因治疗无效死亡。因为现在针对麻疹病毒，没有特别好的疗法，临床上主要是积极的对症治疗，防止并发症，比如有癫痫抽搐的患儿，可能会给予抗癫痫的治疗，有脑水肿的情况就给予脱水降颅压的治疗。当出现锥体外系症状的时候，比如肌张力高，可以给予相应的药物来治疗。
但是总体上来说，这些药物仅仅是起到支持、对症治疗的作用。针对麻疹病毒的治疗，现在没有特效的药物，并且预后也比较差，死亡率非常高。所以对于亚急性硬化性全脑炎，应该按照国家的预防措施尽早注射相应的疫苗来减少发生。
