奥美拉唑的服用时间，与治疗的疾病有关，疾病不同，所用时间也有所不同。如果用于治疗胃溃疡和十二指肠溃疡，建议每天晨起或者早晚各吞服一次。如果用于治疗胃食管的反流病，也建议每天晨起或者是早晚各吞服一次。如果是用于治疗卓-艾氏综合征、胃泌素瘤，通常就建议一天服用一次。如果是每天的总剂量＞80mg，也建议分两次服用。
奥美拉唑有肠溶片和肠溶胶囊两种剂型，肠溶制剂的特点就是在肠道中崩解，在胃中不崩解，因此要注意保持药片的完整性。比如是服用肠溶胶囊，则要求整粒的吞服，不可以咀嚼。对于片剂也要求整片吞服，另外要求至少用半杯的液体送服。如果是吞服有困难的患者，可以把它分散在水里，在30分钟以内服用，这样可以确保它的肠溶衣完整性，以便更好发挥药效。
