在手术切除以后，一般根据胃肠道间质瘤的肿瘤大小、核分裂象计数和肿瘤原发部位，来评估胃肠道间质瘤的复发风险。复发风险度可以分为极低危、低危、中危和高危。
如果肿瘤＜5cm，核分裂象计数≤5的胃肠道间质瘤，属于极低危或者低危，复发风险很低，不推荐在术后进行靶向药的辅助治疗。对于＞5cm的胃肠道间质瘤，一般属于中危或者高危，复发风险相对较高。另外如果肿瘤发生了破裂，只要有破裂的情况发生，无论肿瘤多大、核分裂象计数是多少，都属于高危复发风险较高。中危和高危复发风险度的患者，推荐手术以后进行靶向药的辅助治疗。
评估复发风险对于后续获得良好的治疗效果非常重要。有些患者其实只需要手术就可以治愈，还有一些患者具有潜在复发风险，评估复发风险能让患者不至于错过辅助治疗的最佳时机。评估复发风险属于医学专业问题，请遵医嘱，千万不能自行评估导致贻误病情。
