新型冠状病毒感染后引起的肺炎会伤害肺部，也会影响胃肠道以及心脏。由于病毒感染为全身性感染，所以也可侵入消化道引起消化道黏膜充血、水肿和炎症，使患者出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状。也可侵入眼结膜，引起结膜充血、水肿，甚至伤害心脏和大脑。
新型冠状病毒肺炎主要通过呼吸道传染，先感染上呼吸道的鼻腔与咽腔，使鼻腔和咽腔黏膜充血、水肿。感染后病毒入侵引起病毒复制，通过呼吸进入下呼吸道，通过呼吸道黏膜进入肺和支气管，引起间质性肺炎和肺实质炎症。
随着炎症逐渐发展，会充满整个肺泡和肺间质，引起肺实质和间质的充血、水肿，导致整个肺的实变，俗称大白肺，从而引起呼吸困难、胸痛、胸闷以及严重缺氧。病毒性肺炎所致呼吸困难较严重时，可能会引起呼吸衰竭，危及人体生命，所以最主要的伤害部位为肺部、气管、支气管以及肺实质与间质。
