囊肿性痤疮是重症痤疮，外用药进行治疗远远不够，所以要加上口服药。口服的药物目前最常用的有两种，一个是盐酸米诺环素、多西环素等抗生素类药物。另一个是异维A酸胶丸，也叫泰尔丝，属于维甲酸类的药物。其中盐酸米诺环素和多西环素对于囊肿炎症的改善和消退效果不错，但对于复发的作用不够。异维A酸胶丸对于炎症的消退还有减少复发都有效果，但是有少数人可能会在开始使用的时候痤疮突然加重，所以可以先用盐酸米诺环素或者是多西环素3-6周，然后再改成口服异维A酸胶丸。
除了口服药物之外，可以外用过氧苯甲酰凝胶点涂，另外可以照射红蓝光或者是光动力治疗，对于囊肿性痤疮的治疗周期和效果都会有一定的帮助。总之囊肿性痤疮属于重症的痤疮，要积极地治疗，否则的话容易留下瘢痕，治疗可以口服药物，还可以做物理的治疗。
