牛黄上清丸和牛黄甲硝唑不可以一起吃，因为牛黄上清丸属于复方制剂的中成药，药物组成比较复杂。除含有人工牛黄以外，还有菊花、石膏、大黄、栀子、连翘、地黄等共十几味药。但是牛黄甲硝唑是西药，也是复方制剂，其药物组成包括人工牛黄和甲硝唑。一般中药成分比较复杂，尤其是牛黄上清丸等组方较大的中成药，所含有的成分更多。如果与西药同时服用，有可能会因为药物的有效成分相互接触，发生某些不良的相互作用。因此，建议中药和西药之间，间隔1小时左右服用。
从药理作用上而言，牛黄上清丸中的主要成分人工牛黄，在牛黄甲硝唑中也含有，两种药物的主要成分重复，本身牛黄药性偏寒凉，过量服用可能会损伤脾胃，而且也会导致药物的使用超量，因此临床上不建议牛黄上清丸和牛黄甲硝唑一起服用。此外，牛黄甲硝唑中含有抗菌药物甲硝唑，因此在用药期间要避免饮酒。
