治疗尿痛主要是针对病因，大多数尿痛是泌尿生殖系统感染造成。女性比较常见的有下尿路感染、尿道炎、膀胱炎，男性常见的是尿道炎、膀胱炎、前列腺炎，这类疾病均可以导致尿路刺激症状，如尿频、尿急、尿痛，在临床上感染性疾病可以采用抗感染治疗。
治疗药物以抗生素治疗为主，可以根据经验选用常用抗生素，如氟喹诺酮类、头孢类、大环内酯类等药物。必要时也可根据细菌药敏的结果，选用适宜的抗生素。
对于泌尿系统其他疾病所引起的尿痛，如泌尿系统结石、肿瘤、损伤、异物等，可以在完善相应检查情况下，针对原发疾病进行治疗。必要时也可以采用辅助改善症状的药物，如非甾体类抗炎止痛药、M受体阻滞剂等进行治疗。
