格列卫即伊马替尼，是大部分胃肠道间质瘤患者治疗的首选药物，但并不是所有患者都能够从伊马替尼治疗当中获益。治疗开始之前，要进行病理活检明确基因的分型，根据基因的分型来确定伊马替尼的治疗剂量。对于难以R0切除的或不可完整切除，需要联合脏器切除的手术风险比较大的患者，可以考虑手术前接受伊马替尼的治疗，通过服用伊马替尼可以使肿瘤缩小，达到手术的要求，然后再进行手术。
对于PDGFRα外显子18号D842V突变的患者，不推荐接受伊马替尼的治疗，伊马替尼对这部分患者的客观缓解率基本上是0%，中位的无进展生存期是3个月，中位的总生存期是12个月。野生型的胃肠道间质瘤对伊马替尼的反应率也非常低，与突变型间质瘤相比，效果明显较差。SDH缺陷型胃肠道间质瘤，以及KRAS、BRAF突变、NF-1基因突变的间质瘤，伊马替尼也无法从中获益。
