疱疹性结膜炎针对病因，可以使用抗微生物的眼药水。如果是细菌感染，则使用抗菌素眼药水，如妥布霉素滴眼液、夫西地酸滴眼液等。如果是病毒感染，可使用更昔洛韦眼用凝胶，但阿昔洛韦眼药水、干扰素眼药水使用较少。如果是非感染性因素引起的疱疹性结膜炎，如依色林等药物引起的刺激性结膜炎，需停止这些药物的应用，使用低浓度、低效、毒性小的抗菌素眼药水，如妥布霉素滴眼液联合使用眼表修复剂，以及碱性成纤维细胞生长因子滴眼液等。
疱疹性结膜炎的病因主要为两大类，一类是病毒和细菌感染造成少部分的疱疹性结膜炎，可以由衣原体感染引起。第二类是药物刺激引起，常见的是依色林滴眼后，引起的疱疹性结膜炎。疱疹性结膜炎眼药水的应用，需要在临床确诊、明确病因后，才针对性地进行去除病因治疗，不可以盲目使用。患者可在家中少量使用效率较好、副作用较小的抗菌素眼药水，如妥布霉素滴眼液，对眼表没有太大损害，可以进行试验性治疗。
