肛门脓肿是一种来自于肛门周围组织的急性炎症，是一种化脓性炎症，其中形成了脓，唯一的正确治疗就是手术切开，将脓放出。药物治疗、抗生素治疗为次要，甚至可以不用。当然某些伴有特殊基础疾病的患者必须用抗生素治疗。
手术切开的方式可能有所区别，单纯将脓肿切开引流，还是连引起肛门脓肿的病因，即肛隐窝线位置也一起处理，即肛瘘根治术，有争议。
有一部分医生认为仅仅需要切开引流，理由是有一部分患者可能并不会形成肛瘘，另一部分医生认为很多患者仅仅切开引流会导致复发，会形成肛瘘，需要进行手术连肛瘘一起处理。
现在趋同的是手术探查中如果找到了肛瘘内口，就按照肛瘘处理，如果找不到，就切开引流。因此现在处理肛门脓肿意见非常统一，已经达成共识，一旦形成肛门脓肿建议必须手术治疗，不能拖延，越快越好，一般要求一周之内予以手术切开。
