提到松果体细胞瘤钙化，就要谈到它的病理来源，因为松果体细胞瘤来源于松果体实质细胞，这个区域的松果腺非常容易发生钙化，在松果体区一些肿瘤的鉴别诊断上也容易发生，比如畸胎瘤、生殖细胞瘤、少枝胶质细胞瘤、室管膜瘤，甚至有一些钙化的蛛网膜囊肿，在鉴别诊断中也可以出现松果体细胞瘤一样的钙化。所以在钙化这个方面，作为松果体肿瘤，不是说有钙化就一定是松果体肿瘤，但是松果体肿瘤作为影像学方面，有钙化作为预后判断是非常有价值的。如果是松果体细胞瘤发生钙化，这一类肿瘤往往生长比较缓慢，它的预后也比较好，虽然它对放疗不敏感，但是它生长比较缓慢，我们把这一类松果体细胞瘤一般都判断为良性肿瘤。松果体细胞瘤也有一部分是不钙化的，所以不是说所有的松果体细胞瘤都会钙化，如果发现松果体细胞瘤不钙化了，往往容易发生种植，甚至转移，甚至出现一些其它部位的松果体细胞瘤的播散，所以并不是说钙化是坏事情，而是提示预后比较良好的一个表现。
