胶囊内镜目前是不能够代替肠镜的，因为现在胶囊其实还主要是检查小肠，现在已经有胶囊胃镜了，可以来看胃，需要体外有一个磁场，来控制胶囊在胃里面运动。
这样为了让胶囊在比较大的空腔，能够尽量多的拍出来片子让医生看，小肠管道较细是比较合适的，而结肠管腔比较宽，胶囊进去很容易漏掉很多有用的信息。
另外一个问题就是胶囊通过胃和小肠到结肠时候，已经经过了好几个小时，小肠不断的分泌液体排入结肠，虽然在吞胶囊之前做了导泻，清空了小肠，但是几个小时过去以后又有新的液体排到结肠里。
胶囊进到结肠过了好几个小时，有新的液体在结肠里面，就会影响胶囊拍摄结肠的图片，因此就会影响结肠的观察。将来有可能发展出胶囊的结肠镜，可能需要体外控制，另外还有就是结肠如何来清空，这些问题也需要得到解决。
