骨结核治疗的科室选择相对比较复杂。结核作为一种传染性疾病，国家有定点医院进行治疗，各地红十字会医院是指定的配药机构，特别是对于开放性结核，需要到定点医院进行救治。当结核仅仅发生在骨的时候，因为为非传染性，通常骨科作为首诊科室。
现在的骨科也有亚专科的分类，如果结核是发生在脊柱的时候，可以找脊柱的专科医生进行相应处理。如果发生在骨干部位，找骨病相关的专家来进行就诊。如果结核发生的部位以关节为主，这些疾病的患者可以找以骨关节病为主要诊治对象的专家进行就诊。但骨关节结核的就诊科室主要是在骨科，在不同部位上，还是要细分一些亚临床专科，从而进行相应的治疗。特别是脊柱结核，主要还是要找脊柱相关的专家进行相应治疗。但是当局部治疗完成之后，对于结核全身的治疗，仍然要坚持规范治疗，通常都是在定点医院，进行规范配药、足疗程的治疗。
