脖子部位长扁平疣可以采取物理疗法将其去除，比较常用的二氧化碳激光、液氮冷冻、电离子灼烧或微波治疗等，都比较容易去除颈部扁平疣。扁平疣本身是由人乳头病毒感染所引起的增生性病变，头面部、手背、上肢，包括颈部都有可能出现扁平疣，因为病毒就是在皮肤黏膜表面感染，并不深入到深层组织。所以可以局部采取物理治疗，将疣体破坏、清除。但治疗要注意的局部如果有残留，有可能会有传染性，还会再次增多，所以要治疗彻底。同时不要搔抓，以免造成疣体扩张。
扁平疣长在脖子部位，还有其它疾病，比如脖子部位多发性软纤维瘤，俗称皮赘。部分是皮赘，主要是局部结缔组织增生所形成，没有传染性。可以通过皮肤镜等检查手段加以区别，但在治疗上两者有相似的地方，一般都是采取激光冷冻的物理疗法，但对扁平疣还可以辅助使用抗病毒药物，比如干扰素或咪喹莫特等外用减少复发。
