子宫内膜异位卵巢囊肿的患者，大多数没有症状，部分患者是在查体时发现，有2大症状需要关注，包括痛经、不孕。但是也有长一个很大囊肿的情况，比如出现一个20cm囊肿，患者也没有痛经的症状，所以症状和包块之间没有明显的相关性。
最主要的问题是关于痛经的治疗，怀孕永远都是最佳的治疗。因为怀孕不来月经，就不会痛经。所以对于子宫内膜异位卵巢囊肿的痛经和不孕症状，妊娠永远是最好的治疗。只要怀孕，就不会有不孕的情况，只要怀孕就不会来月经，患者就没问题。
部分子宫内膜异位卵巢囊肿发展到比较远期的部位，比如输尿管、肠子，甚至肺有特殊异常出血的情况发生。但是通常没症状的居多，痛经、不孕这些症状，只要将生育任务完成，也是很好的治疗方法。
