阿托品可以用于治疗青光眼，但是需要在青光眼手术以后使用。阿托品的使用有较严格的规定，需注意毒副作用，同时必须在医生指导下使用。青光眼手术后通常使用轻度的散瞳药，而阿托品的散瞳作用较持续，容易引起瞳孔的粘连，因此阿托品即使在青光眼手术后，使用也较有限。
阿托品主要用于松弛睫状肌，导致睫状体的悬韧带变短、晶体变扁平，增加后房的空间，使前房空间变深。在手术前如果使用散瞳药，虹膜就会堆积到周边部，瞳孔出现散大，导致患者的虹膜跟角膜之间的夹角变小、前房角变小，房水的引流通道变窄，房水不易引流到眼球外，反而会诱发青光眼的发作，加重眼压的升高。但是青光眼手术以后不再依赖于前房角将房水排出，房水从后房产生以后，通过12点的虹膜根切口，引入到在眼球表面的巩膜隧道，进入到结膜瓣下，即使前房角变小，患者也无需胆小。
