其治疗首先需要明确一下感染原因，在一般情况下，当患者出现了尿路感染，特别是男性，最常见的是性传播疾病，如罹患了淋病，淋球菌感染，这时最好的药物是头孢曲松钠，用该药即菌必治来治疗，口服的话可能应用头孢克肟来治疗；如果是非淋菌性的感染，如支原体、衣原体可以应用大环内酯类药，如阿奇霉素，可以应用四环素，如多西环素，还有喹诺酮药物来治疗。但是事情往往有另外一面，当患者感染的同时，可能有免疫功能的低下，如同时有糖尿病，容易发生感染；如患者有尿道狭窄或解剖变异等，这些情况都可能是尿路感染的内在原因。在治疗这类的尿路感染同时，在应用抗生素的前提下，还需要去改善患者体质，增强免疫力，控制血糖，解除梗阻因素等综合治疗，才能够很好地控制感染。
