判断是否患结肠炎，主要根据临床表现。对于结肠炎患者，最常见的临床表现是腹痛、腹泻、排便次数增多，更严重的患者可能出现黏液脓血便、发热、贫血等症状。若患者出现此类症状，反复而不能痊愈3个月以上，应怀疑患溃疡性结肠炎即结肠炎。对于怀疑患有结肠炎的患者，建议尽早进行结肠镜检查，结肠镜检查是检查结肠炎最常用、最有用的手段。
在进行肠道准备后，经肛门进镜，可以观察直肠、乙状结肠、升结肠、盲肠和回肠末端等部位。如果发现炎症性病变，应取活组织进行病理学检查，从而鉴别其他疾病，如肠结核、克罗恩病、缺血性肠炎、真菌性肠炎等，此类疾病有时鉴别比较困难。但在结肠镜检查后，根据病理学检测结果，基本可以得到确诊。
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