不完全川崎病是指发热时间≥5天，抗感染治疗效果不好，但是具备了川崎病的2-3条主要临床表现，比如具有发热、皮疹、唇红、皲裂，没有其它川崎病的表现，但是炎性指标明显升高，同时冠状动脉发现有冠状动脉的扩张。在除外其它疾病后，就可以临床诊断为不完全川崎病。如果是不明原因的发热7天以上，或不明原因的发热伴休克，不明原因的发热伴烦躁、纳差情况时，也要考虑不完全川崎病的诊断。

不完全川崎病除了冠状动脉有病变之外，实验室检查也可以提供相关的诊断依据，比如孩子除了发热，没有其它典型川崎病症状和体征，但是评估实验室指标提示C反应蛋白明显升高、血沉明显升高。此时要动态监测其它实验室指标，比如血常规，有无白细胞的明显增多，血生化有无提示低白蛋白血症，血小板或凝血功能是否正常，心脏彩超和冠脉超声是否正常，实验室指标和辅助检查都有助于不完全川崎病的诊断。