胃肠道间质瘤是消化系统最常见的间叶组织肿瘤，60%-70%发生在胃，称为胃间质瘤。20%-30%发生在小肠，10%发生在结直肠。间质瘤是一种交界性的肿瘤，具有潜在恶性可能。肿瘤的危险程度与肿瘤的大小、位置、核分裂象有关，并且与浸润的深度有关。
通常情况下，胃间质瘤的危险度分级较其它胃肠道部位的间质瘤低，临床表现也不尽相同，胃间质瘤的患者可出现上腹部不适或类似于溃疡病的消化道症状，胃间质瘤较大则可扪及上腹部肿块。小肠间质瘤易发生肠梗阻，十二指肠间质瘤则可以压迫胆总管引起梗阻性黄疸；结直肠间质瘤主要症状包括腹部包块、隐痛、便血、肛门坠胀等。
两者治疗结束后，复发转移的风险也并不相同。
