因为肛瘘主要是发生在肛门周围，一般可以做肛瘘的切开或者是肛瘘的切除，对于高位的或复杂肛瘘，有可能还会做挂线手术。因为肛门周围的感觉神经比较丰富，而且比较敏感，所以做肛瘘的手术有一定的痛苦。
这个痛苦主要的表现，一个是手术切口的疼痛。另外一个就是肛瘘本身会侵犯到肌肉，在做完手术麻醉恢复以后，肛周的肌肉会收缩，也会引起剧烈疼痛。
还有一点，就是对于高位的复杂肛瘘，有时会采用橡皮筋挂线。这个挂线是采用橡皮筋，从肌肉当中慢慢地勒开，从而保护肛门外括约肌的功能，不至于引起大便失禁。
这些橡皮筋慢慢从肌肉和软组织勒开的过程当中，疼痛非常剧烈，有时需要用止痛药或者打强效的止痛针，才能减轻患者的痛苦。
但是也不要害怕，现在也有很多止痛的方法，包括止痛药、止痛泵，还有中医的穴位的贴敷或压迫，也可以得到很好的止痛效果。
