高胆固醇血症的危害主要是会引起心血管疾病，即动脉粥样硬化性心血管疾病。当胆固醇水平升高的时候，会在血液内随着血液流动到组织的器官进行沉积，如果沉积在肝脏会引起脂肪肝等。如果沉积在血管内壁，会引起血管内的粥样硬化斑块的形成，引起血管狭窄以及相应的心血管事件，比如引起冠脉狭窄会引起冠心病，诱发心梗、恶性心律失常、心源性休克等。
如果沉积在脑血管，引起脑动脉粥样硬化，脑动脉狭窄会诱发脑梗，大面积脑梗甚至脑梗之后的出血等脑血管意外事件。如果在下肢动脉，会引起下肢动脉缺血，出现间歇性跛行的症状。如果在肾脏，会引起肾衰等一系列并发症。
