幼年风湿关节炎的治疗主要包括在急性期的诱导缓解治疗和慢性期的维持治疗。急性期的治疗首先要注意休息、加强营养，药物治疗方面可以选用非甾体抗炎药，如布洛芬，还可以选择慢作用抗风湿药，如甲氨蝶呤、柳氮磺吡啶。这类药物通常起效比较慢，常常需要数个月甚至半年的时间才能起效。部分病情进展的患者需要选择小剂量糖皮质激素。然而糖皮质激素对于幼年患者影响比较大，需要慎重选用，严格控制剂量。目前可替代的药物有生物制剂，最经典的生物制剂是肿瘤坏死因子拮抗剂以及白介素-6拮抗剂。急性期疾病得到缓解以后，进入慢性期维持治疗，尽量停用激素，以小剂量慢作用抗风湿药，以及必要时适当的生物制剂维持疾病长期稳定。
因此幼年风湿性关节炎需要在医生的判断指导下，综合评估病情，根据不同情况选择用药，从而才能减少疾病的复发以及减少药物的副作用，保证生长发育。
