首先需要明确卵巢囊肿原因，卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性囊肿两大类。生理性囊肿主要指女性在排卵过程中形成的超声可以监测到的囊性改变，如卵泡或排卵后形成的黄体都可以表现为超声下卵巢囊肿。这种囊肿一般无需处理，后期可以自然消退，建议患者2-3个月以后在月经刚干净时再进行超声复查明确囊肿变化。卵巢病理性囊肿，病理性囊肿又分为卵巢肿瘤或卵巢类肿瘤样的囊性占位。
卵巢肿瘤分为卵巢恶性肿瘤、良性肿瘤。卵巢类肿瘤样的囊性占位指卵巢巧克力囊肿。这种疾病指子宫内膜异位到达卵巢组织间，随月经周期性出现脱落出血表现，出血无法排出，集聚卵巢实质内产生卵巢内积血囊肿。这种积血属于陈旧性类似巧克力，所以称为卵巢巧克力囊肿。直径＞4cm的巧克力囊肿建议积极进行手术治疗。较小巧克力囊肿建议首选药物控制，如口服避孕药或宫腔内放置含孕激素的宫内节育器都可以存在一定治疗作用。
