自体骨髓移植目前主要用在治疗某些恶性的血液病，实际整个骨髓移植分为自体骨髓移植与异体骨髓移植。
目前，异体骨髓移植在临床的使用要多于自体骨髓移植。任何一种医疗治疗手段都有成功与失败两种情况出现。
相对于异体骨髓移植，自体骨髓移植的成功率要稍高，但也有风险。其成功率与不同疾病与疾病状况，还有患者年龄，不同的治疗方式都有很大关系。
相对异体骨髓移植，自体骨髓移植的风险要稍小，因为其不存在严重排异反应，并发症比异体骨髓移植少。尤其是用自体造血组织，相对而言造血恢复也较快，所以相比异体骨髓移植成功率大大提高。
但任何事情都是双刃剑，自体骨髓移植由于没有采用异基因的骨髓移植，所以疾病的治愈率方面相对稍差。
