室间隔缺损的治疗方法主要是手术治疗，包括体外循环下的心内直视修补手术和微创伞封的介入封堵手术。手术方法的选择主要根据缺损部位以及是否合并其它畸形来决定。因为室间隔附近的结构相对重要、复杂，如传导束、心脏瓣膜等，介入伞封会在进程中对其造成一定的影响，因此目前室间隔缺损常选择体外循环下直视的手术。手术位置相对安全的患者，经过外科医生评估后，可以选择微创伞封介入封堵的手术。
除手术方法的选择外，手术时机的选择也和预后有很大关系。0.5cm以下，位于膜周部的室缺可以自愈，建议患者在门诊随访到5-6岁，即学龄前期，如果此时没有自愈，则应选择手术治疗。另外，存在反复呼吸道感染或生长发育落后的患儿应提前进行手术。1cm以上大型的室间隔缺损，或伴有肺动脉高压的患者容易出现心力衰竭，建议尽早手术。
