乳腺癌化疗和其它恶性肿瘤治疗一样，选择具有细胞毒性的药物对癌细胞进行杀伤，对正常特别是代谢旺盛的器官、细胞也会有杀伤作用。常见的危害有骨髓抑制、胃肠道黏膜反应、脱发、局部刺激和皮肤反应，特殊不良反应如神经毒性，可以引起小脑平衡损伤或末梢神经炎损伤，可以引起肺间质纤维化，还有心脏方面的毒性。
乳腺癌常用的药物阿霉素类，对心肌会有损害，肾毒性和局部药物排泄所导致尿道刺激，也会有些药物发生肾损害，可以引起色素沉着和皮疹。化疗药会导致致畸作用，如果已经有妊娠，三个月以内建议终止妊娠。化疗药物还可以导致远期毒性反应，即不孕、第二肿瘤等，可以在两年之内发生比较常见的白血病，也可以引起实体肿瘤发生，时间相对比较长，如五年甚至十年。
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