确诊百日咳杆菌感染可以通过以下四个环节：
1、流行病学：百日咳是由于百日咳杆菌导致的急性呼吸道传染病，因此诊断要侧重流行病学调查，如患儿是否接种过百日咳疫苗、是否有百日咳疫情接触史；
2、典型症状：患儿是否有典型百日咳的临床症状，如阵发性痉挛性咳嗽；
3、临床试验：一系列临床特异性和非特异性的检查结果，可以帮助确诊百日咳杆菌感染。非特异性的实验室检查包括外周血象白细胞总数和淋巴细胞增高，特异性的实验室检查包括鼻咽部分泌物百日咳杆菌的细菌培养，鼻咽部分泌物荧光染色可以发现百日咳杆菌。通过分子生物学(PCR)的方法，检测到鼻咽部分泌物是否有百日咳杆菌的DNA，血清学对百日咳杆菌抗体的检测也有助于确诊百日咳杆菌感染；
4、排除其他疾病：排除其他疾病导致相同的临床症状，尤其要排除肺结核、肺门淋巴结核导致的痉挛性咳嗽，其他支气管肺炎导致的临床支气管咳嗽，因此胸片、CT发现是否有肺炎和肺结核的病灶。如果排除其他感染性疾病引起的临床症状，再加上实验室特异性、非特异性的检查结果，临床特征性咳嗽以及流行病学疫情调查史，确诊是否是百日咳杆菌感染就不是很困难。
