将钡剂放入灌肠桶内，上接导管和消毒肛管，肛管端涂润滑油，放出少量钡剂，观察流出时是否通畅，并排出管内气体，再将灌肠桶挂在输液架上，距台面1m，造影剂温度与体温相仿。患者取屈曲左侧卧位，将肛管慢慢插入直肠，深度约10cm。小儿或老年人常用双腔气囊肛管，以防小儿不合作。老年人肛门松弛，钡剂外溢，再取仰卧位，先行胸腹部透视，了解胸腹部的情况。患者取仰卧位，右侧略抬高，在透视下徐徐灌入钡剂，当钡剂通过乙状结肠进入降结肠脾曲时，患者左侧稍抬高，有利于钡剂经横结肠、结肠肝曲、升结肠直达盲肠，通常钡剂到达盲肠时停止灌肠。
在灌肠的全过程中，需注意钡剂前端，观察其走行有无受阻、分流及残缺、狭窄，发现异常时停止注钡，观察结肠轮廓、宽度、韧度、移动度，以及有无压痛和激惹等征象。对于病变的好发部位，如直肠、乙状结肠、盲肠，需重点检查。对于结肠重叠部位，如肝曲、脾曲，需倾斜体位检查，并提前了解病史，确定检查的重点。充盈相检查结束后让患者排钡，再分段仔细检查黏膜相，根据需要分别摄取充盈相和黏膜相照片，必要时从肛门注入空气，行双重对比造影。注意事项如下：结肠穿孔或坏死，急性阑尾炎或肛裂疼痛不能插管者为检查禁忌症。