消化不良如果属于功能性消化不良，可给予促动力药或者抑酸剂、H2受体拮抗剂，如吗丁啉、莫沙必利、奥美拉唑、雷尼替丁、法莫替丁等。还可以给予黏膜保护剂，如胶体果胶铋、铝碳酸镁治疗。
中药治疗消化不良具有优势，中医辨证分型，肝胃不和主要表现为胃胀、胃疼、早饱，与情绪相关，急躁、发怒可加重其病症，可给予疏肝和胃药物治疗，如健脾疏肝丸、疏肝丸或逍遥丸。如果患者湿热阻滞，表现为口干、口苦、口粘、舌苔黄腻、脉弦滑、腹胀纳差、大便粘滞不爽等，可给予清热利湿药物，如枫蓼肠胃康或给予温胆汤、清中汤加减治疗。中医治疗方法不能一概而论，要具体问题具体分析，根据病人的情况进行辨证施治。
