小阴茎的治疗比较复杂，属于男性生殖和内分泌的临床专业，主要的目的是使阴茎接近正常大小、改善其外观，使其获得满意的性能力。治疗的方法主要是根据其具体的病因，可采取性激素或是促性腺激素的激素替代治疗。通过激素的替代治疗，渴望将阴茎增大到接近正常的范围，激素治疗效果不好的患儿也可以采用手术治疗。
儿童生殖器的外观、大小与种族遗传、体重等个体差异都有关联。而且在青春期前，儿童的发育比较缓慢，所以儿童的生殖器略小并不意味着有病理性的疾患，也不需要积极的治疗，可以密切观察。临床上诊断阴茎短小有着严格的定义，它是指阴茎的长度小于该年龄组平均值的2.5个标准差。
另外，隐匿性阴茎、蹼状阴茎的阴茎外观看起来也会比较短小，这种情况可以用手术治疗来纠正。总之，如果发现儿童阴茎发育明显短小或合并其它异常，需要及时就医。
