头孢菌素和阿莫西林都是治疗感染性疾病临床常用的抗生素，在临床应用上的不同从药物类别、是否皮试、抗菌谱三个方面进行比较，具体如下：
1、药物类别：阿莫西林是抗菌药物，头孢菌素是一类，包括头孢一代、二代、三代和四代；
2、是否皮试：阿莫西林属于青霉素类抗生素，在使用前要进行皮试，因为发生速发型过敏反应可能会导致过敏性休克而死亡；而头孢菌素导致的过敏反应比青霉素要少，国家没有强制进行皮试；
3、抗菌谱：阿莫西林可以用于肠球菌、李斯特菌引起的感染，还可以联合其它抗菌药物比如甲硝唑、克拉霉素，用于清除幽门螺杆菌的感染；而头孢菌素则不能用于这些感染，头孢菌素也有抗菌谱自身的特点，比如第三代头孢菌素中的头孢他啶可用于铜绿假单胞菌引起的感染，而阿莫西林对铜绿假单胞菌无效。阿莫西林和头孢菌素各有特长，临床选用的时候要根据各自的特点合理应用。
