对于肾结石微创手术，既然为微创说明不痛，如果很痛，不能称为微创。微创的开口较小或者无开口，如果无开口称为自然腔道，即输尿管镜，主要通过尿道进入膀胱，再通过膀胱的输尿管开口顺着输尿管进入肾盂，通道过程中没有开口，包括打碎结石后也没有伤口，所以一般不会有明显疼痛。即便有疼痛也是做输尿管镜时经过尿道或者膀胱，会有不舒服。另外，在麻醉下做微创，术后也会稍微有不舒服的感觉。一般疼痛程度都不会较严重，除非引起膀胱痉挛，即膀胱一直收缩引起的疼痛较明显。
另外，还有一种手术为经皮肾镜，切口在1cm左右，甚至小于1cm，而有微通道的经皮肾镜，切口只有0.5cm，疼痛更不明显。通常术后疼痛并不明显，除非有结石残留堵在输尿管，才会有明显疼痛。
