肠镜检查通常只查大肠，很少查小肠的具体原因如下：
1、小肠发病率低：查肠镜的目的是为了筛查肿瘤，而小肠肿瘤发病率却非常低；
2、小肠镜耗时长、费用高：过去小肠是诊断的盲区，因为肠道里最长的不是大肠，只有1米左右，而小肠的长度却有6-8米，像曲折的山路弯弯曲曲，层层叠叠，小肠镜检查操作难度非常大，大肠镜不麻醉也可以做，虽然可能会比较难受，但是大部分可以完成检查。而小肠镜检查比较痛苦，因为病人太难受，在清醒状态下不能完成检查，所以必须在麻醉下进行检查，耗时长，费用也较高。
除小肠镜以外，胶囊内镜也主要检查小肠，并不是胶囊内镜只能查胃。胶囊内镜查小肠是相对较好的方法，但胶囊内镜费用比较高。
