法莫替丁、奥美拉唑主要区别在于抑酸效果不同，虽然二者均属于抑酸药，但法莫替丁属于H2受体拮抗剂，奥美拉唑属于质子泵抑制剂，作用机理存在差异。且奥美拉唑抑酸作用强于法莫替丁，所以在某些特殊疾病中，若需要强烈抑酸，应首选奥美拉唑，如消化性溃疡、黑便、消化道出血等症状。因为奥美拉唑能够使胃内pH值＞6，使胃内的出血病灶、血痂不易被胃酸溶解，且能促进胃溃疡及时愈合。
对于反流性食管炎、反酸、烧心较严重的患者，首选奥美拉唑，因为强烈的抑酸作用，可使患者症状较快缓解，但法莫替丁对于凌晨时突然出现反酸，甚至产生饥饿感的症状具有一定疗效，此时使用奥美拉唑效果较差，可于睡前加用一颗法莫替丁，帮助缓解症状。但是应注意长期服用抑酸药，对机体不利，应在医生指导下合理用药。
