玛卡的副作用包括过敏、痤疮、上火、甲状腺肿大、肝肾损伤等，玛卡是一种保健食品，正常食用通常不会产生副作用，如果过量食用，会对身体产生一定的危害。

1、过敏：如果自身属于过敏体质，可能会对玛卡中的某些成分存在过敏的情况，患者服用玛卡后便有可能出现皮肤瘙痒、红肿、皮疹、荨麻疹等过敏症状。

2、痤疮：患者在食用玛卡后会辅助增加激素分泌，导致性激素水平的变化，部分患者可能会出现痤疮、粉刺等副作用。

3、上火：玛卡具有一定的滋补作用，如果患者长期盲目使用玛卡，便有可能导致热邪亢盛，从而出现上火的情况，主要临床表现为口舌生疮、小便短赤等。

4、甲状腺肿大：玛卡含有硫代葡萄糖苷的化合物，如果患者过量吃玛卡，便有可能导致人体碘代谢异常，诱发甲状腺肿大。

5、肝肾损伤：玛卡在进入人体后主要是通过肝肾代谢，长期盲目食用玛卡，便有可能会加重肝肾负担，引起肝肾功能异常。

除上述副作用外，玛卡还存在导致内分泌失衡，引起性欲下降、阳痿等副作用，所以如果需要使用玛卡，最好是前往内科或男科就诊，通过医生视诊、性激素六项等检查后再使用。​