病变首先发生在肠壁的集合淋巴组织和孤立淋巴滤泡，呈充血、水肿，以致渗出性病变逐渐加重，常常伴有干酪样坏死。
肠黏膜因坏死脱落，形成小溃疡，并逐渐融合增大，出现边缘不规则的浅性溃疡。其深浅不一，基底部可以达到肌层或者浆膜层，并可累及周围的腹膜，或邻近的肠系膜淋巴结，引起局限性结核性腹膜炎，或者肠系膜淋巴结结核。因病变发展较慢，常与附近的肠外组织发生粘连，因此急性穿孔少见。
慢性穿孔多形成腹腔脓肿或者肠瘘。肠黏膜组织遭受严重破坏后，有大量的纤维组织增生，与瘢痕组织形成，从而引起不同程度的肠腔狭窄，但引起肠梗阻者比较少。由于血管闭塞性内膜炎，而使血管管壁增厚、内腔狭窄闭塞，故结核性溃疡大出血少见。肠镜下典型的肠结核溃疡，呈环形分布，溃疡可融合，但融合后仍呈环形，可出现环周性巨大溃疡。溃疡深浅不一，边缘不规则，表面附有白色或者黄白苔。
