全飞秒和半飞秒手术都是对角膜进行激光治疗。
首先两者的手术方式不一样，全飞秒激光手术中不需要制作角膜瓣，在手术的全过程当中都会使用飞秒激光，在角膜基质层中制作一个预设计的微透镜，然后在角膜表面做一个微小切口，大约在2mm将透镜取出，从而改变角膜的厚度从而矫正近视。半飞秒激光手术与传统激光手术是比较接近的，首先需用飞秒激光制作角膜瓣，翻开角膜瓣以后通过准分子激光在基质层上进行打磨，从而改变角膜弧度，角膜瓣需要恢复与基质层相黏合。
两者在术后预后也有一定的差别，角膜恢复程度有所不同。全飞秒激光手术因为角膜切口比较小，感染几率降低，术后反应也是比较轻的，安全性相对会高一些。半飞秒激光手术术后会有一些角膜反应属于正常情况，另外全飞秒激光的舒适度以及视觉质量会相对好一些，所以全飞秒比半飞秒激光手术的价格也会相对贵一些。
