红霉素和金霉素都属于抗生素类药物，但属于不同种类的抗生素，分子结构不同，所对应的抗菌谱也有所区别，不能相互替代。
金霉素是四环素类抗生素，对立克次氏体属、支原体属、衣原体属、非典型分枝杆菌属、螺旋体都敏感，作用机制是特异性地与细菌核糖体30s亚基的a单位结合，抑制肽链的增长和影响细菌蛋白质的合成。
红霉素属于大环内酯类抗生素，抗菌谱与青霉素相似，作用机制主要是与核糖核蛋白体的50s亚单位结合，抑制肽酰基转移酶，影响核糖核蛋白的移位过程，妨碍肽链增长，抑制细菌蛋白质的合成，对革兰阳性菌和沙眼衣原体有抗菌作用。
可见二者的作用机制和抗菌谱都不同，临床使用也会有所区别，这两种药都属于处方药，必须在医生的指导下合理使用，需遵医嘱用药，如正在使用其他药物，在使用前需咨询专业人士。
