Barrett食管常见于消化系统疾病，胃食管反流是Barrett形成的主要原因。长时间的胃食管反流使食管下段长期暴露在胃酸刺激下，造成食管黏膜反复发生炎症反应，复层鳞状上皮被柱状上皮取代形成Barrett食管。
1、疾病因素：目前认为，凡能引起胃食管反流病的原因都可以成为Barrett食管的病因，包括胃酸、胃蛋白酶、十二指肠液、胆汁反流和食管下端括约肌(LES)压力降低等。研究表明，上述反流液的各种成分均可造成食管下段黏膜发生炎症或形成溃疡，在损伤修复过程中，多能干细胞发生分化，以适应局部的环境变化，由耐酸的柱状上皮取代了鳞状上皮，从而形成本症。
2、非疾病因素：腹型肥胖、有重度抽烟史、长期饮食不规律患者均易发生Barrett食管。
