病因治疗适合于病因明确者。随着医学技术的进步，对一些单基因遗传性疾病可能开展基因治疗。
智力障碍患者30%-60%伴有精神症状，导致接受教育和康复训练的困难。因此，可根据不同的精神症状选用相应药物治疗。
若患者伴有精神运动性兴奋、攻击行为或自伤行为，可选用利培酮、奥氮平、氟哌啶醇等。药物的治疗剂量视患者的年龄和精神症状的严重程度而定，从小剂量开始用药，逐渐增加到有效剂量，当症状控制以后逐渐减量，直到停药。若患者口服药物困难，短暂使用氟哌啶醇肌内注射。
对于合并明显注意缺陷多动障碍症状，并且这些症状严重干扰了患者接受教育和康复训练，可选用托莫西汀或哌甲酯等药物治疗。
若患者合并严重抑郁症状或强迫症状，可选用抗抑郁药治疗。
