新型冠状病毒肺炎危害呈多方面，严重时可导致多器官功能衰竭，甚至危及生命。先是以出现呼吸道症状为主要表现，病毒侵袭肺组织，肺脏呈现不同程度的实变，实变主要表现为弥漫性肺泡损伤和渗出性肺炎，病变较长的病例可见肺泡腔出现渗出物机化、肺间质纤维化。病人主要表现为发热、干咳、乏力，重症患者多在发病一周后出现呼吸困难、低氧血症和代谢性酸中毒，严重时可发展为急性呼吸窘迫综合征、脓毒症性休克。
病毒可导致多器官损害，如脾脏缩小，还有白髓萎缩，淋巴细胞数量减少，部分细胞坏死，可致心肌细胞、肝细胞的变性、坏死，淋巴细胞浸润。肾小球毛细血管充血，呈节段性纤维素样坏死，肾小管损害，间质充血，可见微血栓形成。脑组织充血、水肿，部分神经元受损，食管、胃和肠黏膜亦有不同程度的炎症改变。以上多器官受损，严重时出现多器官功能衰竭，部分患者是以嗅觉、味觉减退或丧失为首发症状。