口腔黏膜的感染性的疾病可以由病毒、真菌、特异性的结核菌，或者其他的细菌而引起，也可以由过敏反应而引起口腔黏膜炎。
在出现病毒感染的时候，常常是由单纯疱疹病毒，或者带状疱疹病毒，或者柯萨奇病毒而引起，临床上多常用抗病毒治疗，也就是应用阿昔洛韦、利巴韦林，或者干扰素，如聚肌胞。
或者应用疫苗，如免疫球蛋白进行治疗，也可以进行局部用药，可以用洗必泰溶液进行漱口，也可以应用抗生素糊剂进行外用，也可以进行中医中药治疗。
如果是真菌感染，一般需要用小苏打水漱口，外用抗真菌的药物。
如果是变态反应性的口炎，可以停药，另外应用抗组胺类的药物，比如扑尔敏等等。