原发性阿米巴脑膜脑炎的预防主要是针对病因进行预防，如远离不干净的水源，避免接触不流动的温水是主要的预防措施，本病一般无早期筛查指征。
（1）避免在不干净的河水、潮水、池塘水和温泉水中游泳、洗澡、洗脸，使用长期不流动的水管水时也要注意。
（2）游泳时最好采用鼻夹，避免脏水流进鼻子里。
（3）干旱多风地区，外出应做好防护，如戴口罩等。
（4）注意个人卫生，养成良好的卫生习惯，饭前便后勤洗手。