新生儿科和儿科的主要区别是按照小儿的年龄段来划分，一般有如下几种情况：
1、新生儿科：主要是指胎儿娩出之后从脐带结扎到生后28天内的新生儿，这都属于新生儿科，但是所治疗的疾病包括了新生儿的内科、外科疾病，其中内科疾病包括了消化、内分泌，还有感染和呼吸等各个系统的疾病，28天以内的新生儿期，所有患病的新生儿都在新生儿科进行治疗。
2、儿科：主要是指在新生儿期之后，也就是从出生的第29天后，有些地方按照年龄段来划分到18岁以下，有些是按照14岁以下。如果在一般的医院中，分科不是很细，所以儿科中又包括了新生儿学科，所以14岁或者18岁以下均属于儿科，但其中28天之内的新生儿属于新生儿科。
在一些专科的儿童医院或大型的三甲医院，往往都将新生儿科和儿科独立区分开来，以便专科医生救治，同时也会减少交叉感染。