肛瘘主要的原因是由于患者肛门周围出现炎症，一般是出现脓肿，由于脓肿自行的破溃，也就是自行愈合以后可以形成肛瘘。由于肛周脓肿的主要原因是继发于肛窦的炎症，也就是在直肠和肛管的内部出现炎症，从而导致肛门周围皮下组织出现脓肿、感染，等到完全破溃愈合的时候，也就是创面表面是假性的愈合，但是内部没有真正的愈合，所以时间长了以后就会形成肛瘘。肛瘘出现以后在皮肤表面会有外口，在肛门的内部有内口，中间有瘘管连接在一起，瘘管的质地比较硬，外口有可能会愈合，也有可能会自行的破溃，会出现流脓、渗液等情况并且伴有恶臭。