百日咳患者在恢复期出现咳嗽加重，特别要关注和警惕是否有其它病原体混合感染，导致百日咳症状逐渐缓解，咳嗽又进一步的加重，百日咳的特点是咳嗽严重，病程比较长。
由于病程长，抵抗力下降，营养跟不上，护理不及时，可能在病程中会有其它病原体感染，因此当有咳嗽加重。必要的时候要复查胸片或者CT，了解肺上是否有新的感染病灶以及是否是医院获得性的感染。
如果明确是混合感染，要在原来大环内酯类抗生素应用的同时，针对混合感染的病原体，联合相应的抗生素采取治疗，并且加强超声雾化、翻身拍背、止咳化痰等综合救治。